東京大学大学院理学系研究科附属植物園（とうきょうだいがくだいがくいんりがくけいけんきゅうかふぞくしょくぶつえん、英: Botanical Gardens, Graduate School of Science, the University of Tokyo）は、東京都文京区白山三丁目にある植物園。小石川植物園（こいしかわしょくぶつえん）の通称を持つ。
小石川植物園（本園）
元々は東京大学が開設した施設ではなく、江戸幕府によって開園された小石川御薬園（こいしかわおやくえん）であった。幕府は、人口が増加しつつあった江戸で暮らす人々の薬になる植物（薬草）を育てる目的で、1638年（寛永15年）に麻布と大塚に南北の薬園を設置したが、やがて大塚の薬園は廃止され、1684年（貞享元年）、麻布の薬園を5代将軍徳川綱吉の小石川にあった別邸に移設したものがこの御薬園である。その後、8代徳川吉宗の時代になり敷地全部が薬草園として使われるようになる。1722年（享保7年）、将軍への直訴制度として設置された目安箱に町医師小川笙船の投書で、江戸の貧病人のための「施薬院」設置が請願されると、下層民対策にも取り組んでいた吉宗は江戸町奉行の大岡忠相に命じて検討させ、当御薬園内に診療所を設けた。これが小石川養生所であり、 山本周五郎の連作短編小説『赤ひげ診療譚』や、この作品を映画化した黒澤明監督作品の『赤ひげ』は、養生所を舞台とした医師の物語である。のちに、養生所は江戸時代の七分積金を元にした東京市養育院の設立（明治5年）につながった。なお、御薬園は、忠相が庇護した青木昆陽が飢饉対策作物として享保20年に甘藷（サツマイモ）の試験栽培を行った所としても有名である。
その後、明治期に入り、東京帝国大学が1877年に開設されると、同大学理科大学（現：理学部）の附属施設となり、広く一般植物などを多種揃えた植物学の研究施設として生まれ変わった。同時に、一般にも公開されるようになった。1897年には本郷キャンパスにあった植物学教室が小石川植物園内に移転し、講義棟も建設され、植物学に関する講義も行われることになった（1934年に植物学教室は本郷に再移転）。1998年より、現在のように大学院理学系研究科の附属施設となった。理学部→理学系研究科の附属施設ということもあり、毎年5月に理学系研究科・理学部の学生・教職員交歓会が開催されている。
2012年（平成24年）9月19日に、「小石川植物園（御薬園跡及び養生所跡）」として国の名勝および史跡に指定された。
植物園の敷地は周辺道路拡幅のため一部が削られ、すでに御殿坂辺縁部は悲惨なことに御殿坂塀際の希少植物が全滅状態だという。
本館は2013年（平成25年）度のDOCOMOMO JAPAN選定 日本におけるモダン・ムーブメントの建築に選出されている。
2019年11月19日から、新しい温室が一般公開される。
概要
- 面積：161,588m2
- 開園：1877年（前身の御薬園を含めると、1684年。日本で最古の植物園）
- アクセス：都営地下鉄三田線，白山駅より徒歩10分、東京メトロ丸ノ内線、茗荷谷駅より徒歩15分、都営バス〈上60〉上野公園～大塚駅前、池袋駅東ロｰ路線の白山2丁目バス停留所より徒歩3分。
- 入園料：高校生以上：500円（東京大学の学生は無料）、中学生・小学生:150円。みどりの日である5月4日は無料。各種割引などあり。
- 休園日：年末年始と月曜日（月曜日が祝日の場合はその翌日、月曜から連休の場合は最後の祝日の翌日）
- 開園時間：9時-16時30分（入園は16時まで）
（いずれも、2015年2月現在）
| 正式名称 | 東京大学大学院理学系研究科附属植物園 |
|---|---|
| 前身 | 小石川御薬園 |
| 専門分野 | 総合 |
| 事業主体 | 国立大学法人 東京大学 |
| 開園 | 1684年 |
| 所在地 | 〒112-0001 東京都文京区白山三丁目7番1号 |
| 位置 |  北緯35度43分3秒 東経139度44分47.5秒 |
| 公式サイト | 小石川植物園 |
